היווצרות רוב הורמוני ההיפותלמוס מתחילה בתקופה התוך-רחמית, כך שכל גרעיני ההיפותלמוס מתמיינים עד שבוע 14 להריון. עד היום ה-100 להריון, הושלמה היווצרות מערכת הפורטלים של בלוטת יותרת המוח, ומערכת ההיפותלמוס-יותרת המוח משלימה לחלוטין את ההתפתחות המורפולוגית עד שבוע 19-21 להריון.
